U-13 Türkiye Şampiyonası'nda 2. Kademe müsabakaları 4 ayrı Grup'ta 16 takım katılacak. Maçlar 2- 4 Temmuz 2009 tarihlerinde Küthaya. Bolu, Giresun ve Aksaray Grup merkezlerinde oynanacak. Yapılacak olan maçlar sonunda Gruplarda ilk sırayı bitiren takımlar final mücadelelerine katılacak.

Final mücadeleleri 10-11 Temmuz 2009 tarihlerinde yapılacak. İstanbul takımları olan Fenerbahçe, Galatasaray, Beşiktaş, Kasımpaşa ve Kartalspor'un hangi Grup merkezlerinde gideceğinin kuraları İstanbul'da çekilecek. Bu takımların dışında olan Bucaspor, Bursa Compenantaspor, Afyonkarahisarspor Adanaspor A.Ş., Adana Kozan Bld.spor Elazığ DSİ Spor, Trabzonspor, Trabzon İdmanocağıspor, Samsunspor yine Düzce Belediyespor'un bulunduğu Grup'tan çıkan Çorum PTT Spor takımları 2. kademede mücadele edecek. Çrum PTT Spor Giresun Grubu'nda yer aldı.