istanbul'un içme suyu ihtiyacını karşılayan en büyük kaynaklardan biri olan Büyük Melen Çayı'ndan günlük yaklaşık 700 bin m3 su istanbul'a gönderilirken, Suyun istanbul'a verilmesi ile birlikte bazı tartışmalar da beraberinde geldi. iski'nin özellikle Düzce'de hem yapılaşma, hem çöp dökümü, hem de su kaynaklarının kirletilmemesi adına başlattığı çalışmalar özellikle Belediyeleri sıkıntıya sokarken, iski'nin kurallara uymayan Belediyelere uyarı yazıları göndermeye başladığı da öğrenildi. Düzce'de içme ve kullanma suyu ihtiyacını karşılayan yüzey ve Yer altı su kaynaklarının kirlenmesini önlemek amacıyla iski'nin başlattığı çalışmalar tepkilere neden olurken, iski'nin Düzce'de ne kadar ve ne derecede yetkili olduğunu ise kimse bilmiyor. Düzce'nin değişik yerlerine uyarı tabelaları asan iski su aldığı Melen Çayı ve havzasını koruma altına almaya çalışsa da iskinin resmi internet sitesinde koruma altına alınan havza ve dereler başlıklı bölümünde Düzce'nin adının geçmemesi ise dikkat çekti. Koruma altına alınan dere ve havzalarda hiçbir şekilde yapılaşmaya izin vermeyen iski'nin bundan sonra Düzce'de nasıl bir prosedür uygulayacağı merak edilirken tartışmaların odağındaki Düzce'nin adının listede yer almaması ise yasakların tam olarak cezai yaptırımlarla uygulamaya konulmadığını gösteriyor.

Öte yandan Melen Projesi 1. kademesinin hedeflenenden önce bitirilmesi ile istanbul halkı su sıkıntısından kuruturken Melen projesinin 1. kademesinin iski'ye maliyetinin 260 milyon TL olduğu öğrenildi .